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Da sich die Marktsituation durch die Verwirklichung des Binnenmarktes maßgeblich verändert hat, mußte die EG-Verordnung 338/97 mehrmals aktualisiert werden, zuletzt im Jahre 2012 durch die Verordnung 101/2012, die in ihren Anhängen die Auflistung aller geschützten Tiere und Pflanzen enthält. Die Verordnung 337/97 regelt einheitlich die Ein- und Ausfuhr sowie die Vermarktung der aufgelisteten Arten für alle EU-Länder.
 
Die Verordnungen umfassen alle gefährdeten Arten - lebend oder tot, als Teile oder aus ihnen gewonnene Erzeugnisse (z.B. Schnitzereien aus Elfenbein oder Tropenholz, Schmuck, Gürtel- und Handtaschen aus Schlangen- oder Krokodilleder, Kaviar, Erzeugnisse aus Schildpatt etc.).

Die rechtlichen Vorschreibungen innerhalb der EU gewährleisten vergleichbare, einheitliche Dokumente, Verfahren und Regelungen, wodurch die operativen Abläufe international abgestimmt und einfacher durchführbar sind. Da die EU bei bestimmten Arten noch strenger ist, als die übrigen CITES-Mitgliedsstaaten, ist für die Einfuhr in die europäische Gemeinschaft stets der Status einer Art nach dem Gemeinschaftsrecht relevant. In der EU-Verordnung 318/2008 gibt es vier Anhänge, in welchen die gefährdeten Arten analog den CITES-Anhängen aufgelistet sind:

Anhang A enthält die im Anhang I von CITES aufgeführten Arten, sofern die Mitgliedsstaaten keinen Vorbehalt angemeldet haben - also jene Arten die vom Aussterben bedroht oder so selten sind, daß jeglicher Handel das Überleben der Art gefährden würde z. B. Schimpansen, die großen Meeresschildkröten und fast alle Orchideenarten. Anhang A schließt aber Jagd für Trophäenzwecke nicht zwingend aus. 

Für die Einfuhr sind erforderlich: eine Einfuhrgenehmigung, ausgestellt von der für den jeweiligen EU-Mitgliedstaat zuständigen Behörde sowie (Wieder-)Ausfuhrdokumente des (Wieder-) Ausfuhrlandes. Für die Ausfuhr wird eine Ausfuhrgenehmigung, ausgestellt von der im jeweiligen EU-Mitgliedstaat zuständigen Behörde, benötigt.

Anhang B enthält die im Anhang II von CITES aufgeführte Arten - das sind jene Arten die international in so großen Mengen gehandelt werden, die das Überleben der Art oder von Populationen in bestimmten Ländern gefährden können sofern diese Exemplare nicht im Anhang A gelistet sind. z.B. viele Affen, Papageienvögel, Orchideen, Kakteen und Steinkorallen.
 
Für die Einfuhr sind erforderlich: eine Einfuhrgenehmigung, ausgestellt von der für den jeweiligen EU-Mitgliedstaat zuständigen Behörde sowie (Wieder-)Ausfuhrdokumente des (Wieder-) Ausfuhrlandes. Für die Ausfuhr wird eine Ausfuhrgenehmigung, ausgestellt von der im jeweiligen EU-Mitgliedstaat zuständigen Behörde, benötigt.

Anhang C enthält die im Anhang III von CITES aufgeführten Arten - das sind jene Arten, die von einer der Vertragsparteien in ihrem Hoheitsgebiet einer besonderen Regelung unterworfen sind sowie alle anderen von CITES erfaßten Arten, die nicht bereits in den Anhängen A oder B genannt sind z.B.: Königsgeier, Leierantilope, viele Landschildkröten und Leierantilopen.

Für die Einfuhr sind erforderlich: eine Einfuhrmeldung (wird der Eingangszollstelle zur Bestätigung vorgelegt) sowie (Wieder-)Ausfuhrdokumente des (Wieder-) Ausfuhrlandes. Für die Ausfuhr wird eine Ausfuhrgenehmigung, ausgestellt von der im jeweiligen EU-Mitgliedstaat zuständigen Behörde, benötigt.

Anhang D enthält die Arten, bei denen der Umfang der Einfuhren in die Europäische Union eine Überwachung rechtfertigt z.B.: Sibirische Feuerwiesel, Chinawachtel, Neuguinea-Weichschildkröte, Regenbogenschlange, und Liliengewächse der Gattung Trillium.
 
Für die Einfuhr ist erforderlich: eine Einfuhrmeldung (wird der Eingangszollstelle zur Bestätigung vorgelegt); für die Ausfuhr werden keine artenschutzrechtlichen Dokumente benötigt.

Für lebende CITES-gelistete Exemplare, die für kommerzielle Zwecke eingeführt werden, ist dem österreichischen Zoll bei der Einfuhr ein vom Ausfuhrland ausgestelltes Gesundheitszeugnis vorzulegen.

In Österreich ist das Bundesministerium für Land- und Forstwirtschaft, Umwelt und Wasserwirtschaft mit dem Vollzug von CITES betraut, insbesondere auch mit der Ausstellung der o. g. Genehmigung für die Ein- und Ausfuhr von Arten. An den Grenzübergängen obliegt dem österreichischen Zoll die Kontrolle und Prüfung der notwendigen Dokumente.