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Die Tier- und Pflanzenarten, deren Handel Regulationen verschiedenen Ausmaßes unterworfen ist, sind, entsprechend dem Grad ihrer Schutzbedürftigkeit, auf drei CITES Anhänge aufgeteilt (I, II und III), die zirka alle zwei Jahre auf den Vertragsstaatenkonferenzen aktualisiert werden. Diese unterscheiden sich nicht grundsätzlich von den Anhängen A, B und C die innerhalb der Europäischen Union verwendet werden.
 
Insgesamt umfassen die Anhänge etwa 33.000 Arten - ca. 28.000 davon (84%) sind Pflanzenarten. Für viele Arten ist der Handel strikt untersagt (Anhang I).

Anhang I (EU Anhang A) umfasst die vom Aussterben bedrohten Arten für die der internationale Handel generell verboten ist.
 

Anhang II umfasst Arten, die potenziell vom Aussterben bedroht sind und daher einem kontrollierten Handel unterliegen. Außerdem enthält Anhang II Arten die den bedrohten Arten ähneln ("look-alike species") um eine effizientere Kontrolle zu ermöglichen.

Anhang III umfasst Arten, die innerhalb eines Landes bedroht sind und für deren Erhaltung die Zusammenarbeit mit den anderen Parteien erforderlich ist um die Ausrottung zu verhindern. Der internationale Handel ist kontrolliert erlaubt.
                                                                   
Der für die EU zusätzliche Anhang D umfasst Arten, bei denen der Umfang der Einfuhren in die Europäische Union eine mengengemäße Überwachung rechtfertigt, um ggf. aus den so ermittelten Zahlen eine stärkere Unterschutzstellung herzuleiten.

Eine überraschend große Anzahl von CITES-gelisteten Tieren sind auch in der Europäischen Union beheimatet (Downloadbereich).